A história do Porto de Itajaí começa em 1905, quando a Comissão de Melhoramentos dos Portos e Rios realizou os primeiros estudos para instalar o complexo portuário no estuário do Rio Itajaí-Açu. Mas somente 33 anos depois, em 1938, foi construído o primeiro trecho de cais, de acordo com os registros do assessor de comunicação Magru Floriano, professor universitário, escritor, memorialista da cidade e membro da Academia Jataiense de Letras.

Até as enchentes de novembro de 2008, o Porto de Itajaí era líder nacional na movimentação de várias mercadorias, como carne congelada, e o segundo na movimentação de contêneires para longo curso. Agora, todo o empenho da administração portuária e da própria cidade está na reconstrução das instalações e a recuperação do porto no prazo mais rápido possível, a partir da conclusão das obras de dragagem e reconstrução dos dois berços (cais de atracação de navios) destruídos.

Em junho de 1966, o complexo portuário de Itajaí passou a ser considerado porto organizado pelos órgãos responsáveis pelo setor no país. E dez anos depois , em 1976, passou ao controle da Portobras, estatal criada na época para administrar o sistema portuário brasileiro. A municipalização do porto aconteceu em 2000 e desde entãoele está sob a responsabilidade de uma superintendência criada pela prefeitura.

O marketing do Porto de Itajaí, antes da tragédia de novembro, era a agilidade e eficiência nos serviços oferecidosaos usuários, com operação 24 horas por dia para garantir maior movimentação no cais e menor tempo de permanência dos navios. Seu cais comercial com 740 metros e quatro berços para atracação de navios garantia essa movimentação ininterrupta para manobras noturnas de navios com até 210 metros e diurnas com até 250 metros, graças ao calado (profundidade do cais) de 9,90 metros.

O Porto de Itajaí está localizado numa região privilegiada no litoral de Santa Catarina, servido por quatro rodovias federais, as BRs-101, 110, 470 e 282, o que permite a movimentação de mercadorias de vinte estados e do Distrito Federal. Em 2007, a movimentação total de cargas alcançou 7.309.884 toneladas, com um crescimento de 6% em relação ao ano anterior.

A movimentação total de cargas em contêneires foi de 6.069.467 (crescimento de 7% em relação a 2006) e a tonelada média por contêiner foi de 24,8 toneladas.