O procurador da República Sérgio Suiama denunciou a Shell e a Agência Nacional do Petróleo (ANP) por crime ambiental. A denúncia se refere ao episódio de contaminação do ar, constatado em maio de 2002, no bairro de Vila Carioca, em São Paulo, onde a Shell mantém uma base de armazenamento de combustíveis. É a primeira vez que a companhia é denunciada por crime ambiental no Brasil.
Para o procurador, a Shell é culpada pela contaminação causada ao bairro e a ANP também concorreu para o crime uma vez que dois contratados da agência omitiram informações em relatórios sobre a base da Shell na Vila Carioca. Ignorando, por exemplo, que o local não tinha alvará de funcionamento da prefeitura desde 1985 e que havia moradias contíguas ao armazém de combustíveis, o que também é irregular. Os dois inspetores que foram contratados pela ANP junto ao escritório BBL - Bureau Brasileiro Ltda para fazer o relatório também foram denunciados, por falsidade ideológica.
A base da Shell na Vila Carioca funcionava desde a década de 40 e, ao longo do tempo,  contaminou águas subterrâneas e o solo ao aterrar compostos tóxicos, como a borra oleosa e resíduos de pesticidas, segundo os dados da denúncia, fornecidos pela Companhia de Tecnologia de Saneamento Ambiental (Cetesb).
O caso da Vila Carioca começou em 2002, com a constatação de que os moradores estavam contaminados com produtos químicos tóxicos decorrentes da poluição local. A Shell foi autuada e foi exigido o controle da emissão de poluentes, mas a empresa não atendeu à exigência do órgão estadual. Após um novo relatório com pesquisa de qualidade ambiental, realizado em 21 de junho de 2002, a companhia estadual autuou a Shell novamente. No relatório, 67% dos moradores da região entrevistados reclamava dos odores de gás, gasolina ou óleo.
Na denúncia atual, o Ministério Público Federal propõe a suspensão do processo caso a Shell aceite os pontos de um  Termo de Ajustamento de Conduta (TAC), previamente estabelecido pela Vigilância Sanitária Estadual e a Cetesb e que a petroleira se recusa a assinar até o momento.
Entre vários pontos, o TAC estabelece que a Shell providencie a reparação total do dano, tanto ambiental, como à saúde da população da Vila Carioca, eliminando a poluição do solo e dos lençóis freáticos e a emissão de gases, por meio de reparos em seus tanques de armazenamento de combustíveis, além de realização de exames preventivos nos moradores da região e pagamento dos tratamentos de saúde necessários.